You could parse it this way:
[(全力ダッシュでこっちにやってきた)メガネの男が放つ]唾から弁当を避難させる。
全力ダッシュでこっちにやってきた is a relative clause that modifies メガネの男.
(全力ダッシュでこっちにやってきた)メガネの男
= a man with glasses (who dashed here)
全力ダッシュでこっちにやってきたメガネの男が放つ is another relative clause that modifies 唾.
(全力ダッシュでこっちにやってきたメガネの男が放つ)唾
= the saliva (which the man with glasses who dashed here releases)
メガネの男が is the subject of the verb 放つ.
The basic structure of the sentence is:
(私が)唾から弁当を避難させる。
lit. "(I) make my bento get away from saliva"
The subject of 避難させる is the unmentioned 私 "I".
The whole sentence literally means:
[(全力ダッシュでこっちにやってきた)メガネの男が放つ]唾から弁当を避難させる。
(I) make my bento get away from the saliva [which the man with glasses (who dashed here) releases].