Usage of である in this sentence

Question

In this sentence:

当時の人間どもの手である改造を施された

I'm not sure if である is being used as the copula or the で part is used to mean "by the hands of this people" as in means of action

Answer 1

で  : by
ある: one(or some)

ある is just modifying 改造, like "ある日(one day)". If splitting the sentence by a space, it becomes:

当時の　人間どもの　手で　ある改造を　施された

or changing its order:

ある改造を当時の人間どもの手で施された