When can AはBです mean 'A has B'

Question

国土交通省は、港がある県や市などと一緒にクルーズ船のための岸壁をつくる計画です
The ministry, together with cities and prefectures that have ports, has a plan to build wharfs for cruise ships.

If I strip the example sentence to the important parts I have

国土交通省は計画です
The ministry is a plan

I keep seeing sentences of the form AはBです which seem to mean 'A has B' rather than 'A is B'.

When and why is this possible? Is it incorrect to say:

国土交通省は計画があります

What is the difference?

Answer 1

You can say/write (a bit less colloquially):

～～はXXする計画です。
～～はXXする予定です。
～～はXXする考えです。

to mean

～～はXXすることを計画しています。 ~~ is planning to do XX　
～～はXXすることを予定しています。 ~~ is planning/scheduled to do XX
～～はXXしようと考えています。/ するつもりです。 ~~ is thinking of doing XX / intend to do XX

respectively.

Answer 2

国土交通省はつくる計画です。

This should be the correct stripping. "There is a plan in which the ministry will build blahblah."

*国土交通省は計画です。

This does not make sense.

国土交通省は計画があります。

This a correct sentence.