５千円からお預かりいたします。３千円のおつりでございます。
I don't understand the use of 預かる here. Jisho says it means "to look after" "to keep in custody" so I can understand a sentence like これを預かっていただけませんか and ここで手荷物を預かっていただけますか but not the first one above.
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５千円からお預かりいたします。３千円のおつりでございます。
"Out of 5,000 yen (note). Here's your change, 3,000 yen."
According to 明鏡国語辞典...
あずかる【預かる】
➍《「○○円からー」の形で》〔俗〕売り手が釣り銭の必要な代金をいったん手元に引きとる。 「千円からお預かりします」▹近年、コンビニなどから出た言い方。「まずは○○円から、仮に預かる」という気持ちで言っていると思われる。
So... 「○○円から預かる」 seems to be a pretty new and slangy usage. (But 「○○円(を)預かる」 doesn't sound slangy, as discussed in the comments below.) The dictionary says it's probably used in the sense of "First, I'll keep (hold of) ¥○○ tentatively."
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「から」はともかくとして、「から」なしの「1万円お預かりします」も普通にあると思うんですが、それも俗な言い方の扱いなんでしょうか（今手元に明鏡がないので） – naruto Dec 28 '18 at 1:19
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So in that situation the bill is 2000¥ and the customer gives 5000¥, that's the use of 預かる? – user27223 Dec 28 '18 at 1:40
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@user27223 Right, when the bill is 2,000 yen and the customer gives 5,000 yen, then the shop clerk will say "I'll 預かる 5,000 yen." – Chocolate♦ Dec 28 '18 at 13:44
