On page 43 of the first vol of the Spice and Wolf light novel, a part of a sentence reads
しかし、もしホロが何か動物が姿を変えたものだとしたら
How do the two が particles function in the above sentence together with 変えた and 姿を?
しかし、もしホロが何か動物が姿を変えたものだとしたら...
You can parse it like this:
しかし、もしホロが X だとしたら...
If we assume that Horo is X.
Where X is:
何か動物が姿を変えたもの
Some kind of animal that has changed form.