Technically it could be ambiguous, but I don't feel any ambiguity from that sentence. Without context elsewhere, it seems to be natural to be read that そういう父 is a …支配するもの.
In my opinion, it's like そういう has a great effect on interpretation. そういう means "that kind of" or "like that", so regardless of what そういう modifies, it expects a target of reference that explains "what kind" it is. In naive reading, we can find お前のすべてを絶えず支配している is the most suitable applicant for it. Of course, in cultural background, 父 is likely to control their children, that counts in to a certain degree.
I made a simple comparison between slightly modified versions of the sentence, with my personal feelings how they should be parsed. Take it just for reference since I'm not sure if everyone agrees with me.
(A means the word belongs to お前のすべて, B means it's a …を支配するもの, ? is ambiguous)
お前の父や、それからまたそういう父をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → B
お前の父や、そういう父をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → B
お前の父や、それからまた父をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → ?
お前の恋人や、それからまたそういう恋人をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → B
お前の恋人や、そういう恋人をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → B
お前の恋人や、それからまた恋人をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 A
お前の息子や、それからまたそういう息子をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → ?
お前の息子や、そういう息子をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → ?
お前の息子や、それからまた息子をも数に入れたお前のすべてを絶えず支配しているものに、 → A
If you want them to be unambiguous, each has its own ways to reword. It seems that the writer thought it wouldn't be ambiguous in this case.