"している" has two ways to be used.
1) present progressive form: Now you are doing something.
2) continuous form: You had done something and the situation had been changed. Now the situation has been continued.
(OK: doing) メールアドレスを登録しているときは、マスターキーの送信画面で「OK」をタッチしてください。
When you are making registration of your mail address, you can submit the mail address registration form by cliking the "OK" icon.
(NG or OK) メールアドレスを登録したときは、マスターキーの送信画面で「OK」をタッチしてください。
(NG) If you understand "メールアドレスを登録したとき" as "メールアドレス登録のformを送信したとき," "when you have finished submitting the registration" then the context should be "When you have finished submitting the registration of your mail adress, click the "OK" icon on the sending screen (to submit the registration.)"
It done not make sense.
(OK) If you understad "メールアドレスを登録したとき" as "メールアドレス登録に必要な事項の登録(input)を完了したとき", "when you have filled all the necessary column," the context should be "When you have filled all the necesary column, then all you have to do is to click the "OK" icon to submit it.
(OK) 登録したメールアドレスにマスターキーが送信されます。
The master key will be sent to the registered mail adress.
(OK) 登録しているメールアドレスにマスターキーが送信されます。
(OK-1, doing) The master key will be sent to the mail address that you're now making regstration. (You have not finished it, but once you have finished it, the server system will send the master key to the mail address.)
(OK-2, status) The master key will be sent to the registered mail address.
(OK) 登録しているメールアドレスで受信拒否設定をしている場合は、@nintendo.netからのメールを受信可能な設定にしておいてください。
"登録している" = status:"registered"
(OK) 登録したメールアドレスで受信拒否設定をしている場合は、@nintendo.netからのメールを受信可能な設定にしておいてください。
"登録した" = action: "you had registered" = "the registration is still effective"