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On the surface, many Japanese-English dictionaries define both する and やる as "to do", with little extra context. Offhand, I know the following:

  • やる and する are not interchangeable when it comes to する verbs (e.g. × 死亡やる)
  • やる also has a number of additional senses along the lines of "to give", especially where the recipient is an inferior

Setting aside the second point for now, what's the 使い分け for the two words in the context of "to do"?

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Yaru can sound rude, sometimes means something bad. やれ, やられた, 無理やり(the only adverb where やり is used instead of して). –  Yang Muye Apr 11 at 6:27
    
It's worth pointing out that for some compounds using やり, it is not always replaceable with the compound using し, such as やり方 and やりくり. –  Darius Jahandarie Apr 12 at 21:29
    
どうやって⇔どうして やり方⇔し方 無理やり⇔無理して やった⇔(?)した やらないか⇔しないか やるね⇔(?)するね –  Yang Muye Apr 13 at 4:02

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Only やる is acceptable in some common phrases:

やった!I did it! ×した!
やられた!You got me! ×された!
やれ、やれ!Go for it! ×しろ、しろ!
やられたらやり返せ。Eye for an eye. ×されたらし返せ。
やってくる come along ×してくる
やっていく get along, make a living ×していく
やっちまえ!Get him! ×しちまえ!

やる is used/preferred for:

何時までやってますか?(≒営業する open; on business) ×何時までしてますか?
演奏会でピアノをやる(≒演奏する perform) ×演奏会でピアノをする
映画館でハリポタやってる。(≒上映する is showing) △映画館でハリポタしてる。
今(テレビで)何かやってる?(≒放送する broadcast) △今(テレビで)何かしてる?
小学生から書道をやっています。(≒習う learn) △書道をしています。
[神社]{じんじゃ}で[陶器市]{とうきいち}をやっている。(≒[開催]{かいさい}する hold) △陶器市をしている。
[薬]{くすり・ヤク}/[麻薬]{まやく}/酒タバコをやる (on drugs, smoke and drink) ×薬/酒タバコをする
俺はやってない!(≒殺す、犯罪を犯す murder/crime) △俺はしてない!
携帯どこにやったっけ?Where did I put my phone? (≒置く) ×どこにしたっけ?
やる[気]{き} motivation ◎やる気あんのか!? ×する気あんのか!?

する is used in common phrases such as:

(colloquial)塩コショウをする。(≒かける sprinkle) ×塩コショウをやる。but ×砂糖をする/やる
どうしてですか?(≒なぜ why) ×どうやってですか?
しかた/しょうがない。どうしようもない。(It can't be helped) ×やりかたがない。△やりようがない。×どうやりようもない。
どうしたの?(What's wrong?) ×どうやったの?
どうしよう!(What should I do?) ×どうやろう?

You use する to say

あくびをする(yawn) くしゃみをする(sneeze) うがいをする(gargle) etc. ×あくび/くしゃみ/うがいをやる
頭痛/[吐]{は}き[気]{け}/目まい/[匂]{にお}いがする (≒感じる feel, sense) ×頭痛/吐き気/匂いがやる
ネクタイ/ネックレス/[眼鏡]{めがね}をする (≒(アクセサリーなどを)[着]{つ}ける wear) ×ネクタイ/ネックレスをやる but ×帽子をする/やる
price+する(≒かかる, cost) ◎10万円もした。×10万円もやった。
noun+にする(≒選ぶ choose) ◎これにします。×これにやります。
verb+ことにする(≒決める decide) ◎行くことにします。×行くことにやります。
verb+ようにする(be sure to) ◎遅れないようにしてください。
ご飯にしましょう。(≒始める start) ×ご飯にやりましょう。
お開きにする, 終りにする (≒終わらせる, call it a night, to end) ×お開きにやる, 終りにやる

By the way, both する and やる are used in:

してやったり!/(まんまと)してやられた!to fool, deceive ×してやる。×してやった。×してやろう。

 

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Very helpful. Maybe we could add that する has an additional uses for expressions such as wear/sense/cost that do not apply to やる?:eg 1)ネッくレスをする 2)においがする 3)家賃が10万円もする –  Tim Apr 13 at 11:05
    
@Tim ありがとうございます。まだ、いろいろありそうですね・・・ –  Choko Apr 13 at 15:47
    
参考までに webnote.cocolog-nifty.com/note1/2013/06/post-135b.html とか ninjal.ac.jp/event/specialists/project-meeting/files/… する・やるの違いはたくさんあって、論文や本も書ける題材みたいです。 –  Choko Apr 15 at 9:43

It is difficult to distinguish the usage of them clearly.

But I think, generally, やる is informal, する is not informal (but not formal).

Of course it depends on the context, verb, etc.

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I don't think this answer explains the difference very well. Can you expand it and provide some evidence, examples, etc.? –  Szymon Apr 12 at 9:04

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